biopython 报错【no such file:mkdssp】_外汇行情

迪丽瓦拉

2024-06-03 12:59:44

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问题：报错

原因：报错原因：未安装、未添加环境变量

解决：安装、添加环境变量

问题：

使用 from biopython import dssp

报错：no mkdssp

这个错误通常是由于缺少 mkdssp 程序或者没有将其添加到 PATH 环境变量中所致

没有DSSP的二进制文件mkdssp，因为biopython本身不自带dssp程序，他调用的是电脑里我们自己安装的dssp程序，因此，我们需要显式安装dssp。

（1）下载dssp

conda install -c ostrokach dssp

ps：dssp使用：

(3条消息) Linux中pdb文件生成dssp文件_小白还在路上的博客-CSDN博客

（2）将 mkdssp 添加到 PATH 环境变量中

如果已经安装了 mkdssp 程序但仍然出现了该错误，请将 mkdssp 所在的目录添加到 PATH 环境变量中。具体操作是：

打开终端或命令行界面。
输入以下命令，将 mkdssp 所在的目录添加到 PATH 环境变量中：
```
export PATH=$PATH:/path/to/mkdssp
```
其中 /path/to/mkdssp 指的是 mkdssp 程序所在的完整路径。请根据实际情况进行修改。
重新运行程序，看看是否已经解决了该错误。

总之，如果遇到了该错误，请先确认是否已经安装了 mkdssp 程序，然后尝试将其添加到 PATH 环境变量中。