综合业务科

承担报关单修撤、人工报关单审核、税款担保、现场验估、退补税、滞报金及滞纳金的征收和减免、直接退运等工作；实施单证审核工作；承担原产地证书签发及归档等工作；承担检验检疫签证工作；承担异常处置工作。

法制科

承担海关知识产权保护、普法、法治宣传工作；承担法治建设及执法检查工作；承担重大行政决策的合法性审查，承担行政复议、行政应诉工作，办理行政许可及检验检疫行政处罚案件；牵头组织技术贸易措施研究工作。

业务运行监控科

承担贸易统计、业务统计、统计分析、监测预警、统计咨询、统计监督、统计调查、报关单数据和单证档案管理工作；承担风险管理工作；承担督察内审工作。

查验一科

承担辖区内出入境动植物及其产品及其他应检物的海关检查、检验、检疫、鉴定的实施工作；承担收集动植物疫情信息职责；承担辖区出入境动植物检疫注册的预考核及日常监督、备案登记生产企业的备案及监督；牵头组织检疫处理监管工作。

查验二科

承担辖区内进出口食品化妆品的海关检查、检验、检疫的实施工作及安全事故调查处置。承担进出口食品安全风险信息管理。

查检三科

承担辖区内的进出口工业产品的海关检查、检验、检疫、鉴定的实施工作；承担辖区内出口危险货物包装性能检验和使用鉴定业务。

物流监管科

承担三级监控指挥中心的实体化运作，承担物流监控、舱单、监管作业场所及经营人的管理工作，承担口岸应急事务处理工作。

运输工具监管科

承担进出境运输工具的海关检查、检验、检疫的实施工作；承担医学媒介生物检测工作；承担口岸食品饮用水生产经营单位的卫生许可管理工作。

企业管理科

承担本辖区企业资质管理、企业信用管理工作；承担加工贸易等保税业务管理；承担减免税业务管理；承担非贸管理；承担辖区内相关出口食品生产企业、进口食品进口商的备案管理；承担出口食品原料种养殖场的备案管理。

稽查科

承担稽查、贸易调查、市场调查、主动披露工作；承担加工贸易、保税仓库、减免税、价格、归类、原产地的核查；承担统计核查、企业注册信息核对工作；承担对进入国内市场商品的抽查、进出口商品安全问题追溯调查、对企业遵守检验检疫法规状况的检查；组织实施引入社会中介力量协助海关稽查、核查工作。